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    Core Unit Systemmedizin

    Leistungen

    NGS-Lösungen

    Die Core Unit ermöglicht den Zugang zu Next Generation Sequencing (NGS)-Technologien für molekulare Hochdurchsatz-Untersuchungen von RNA und DNA:

    • RNA-Sequenzierungen (RNA-Seq für die Genexpressions- und Trankriptomanalyse)
      • mRNA-Sequenzierung mit Oligo-dT-Fängerkügelchen (Eukaryoten)
      • total RNA-Sequenzierung mit Random Primern
      • total RNA-Sequenzierung nach Depletion von Globin-mRNA oder rRNA (Prokaryoten und Eukaryoten)
      • small RNA-Sequenzierung, u.a. für bakterielle Transkriptome
      • Dual-RNA-Sequenzierung von Prokaryoten- mit Eukaryoten-RNA (human, Maus)
    • Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-Seq)
      • 10x Genomics Tröpfchen-Mikrofluidik (bis zu 10.000 Zellen)
      • FACS-sortierte Einzelzell-Analyse mit dem SMART-Seq v4 Ultra Low Input Protokoll (1-300 Zellen)
    • Gesamt-Genom-Sequenzierung (WGS), v.a. bakterielle und virale Genome

    • Exom-Sequenzierung (WES)

    • Amplicon-Seq (gezielte Sequenzierung von PCR-Amplicons, z.B. mit Phase-Shift-Primern)

    • Sequenzierung von methylierter DNA (Methyl-Seq)

    • ATAC-Seq (Chromatinzugänglichkeit) 

    • ChIP-Sequenzierung (ChIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit DNA)

    • RIP-Sequenzierung (RIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit RNA)

    • CLIP-Sequenzierung (CLIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit RNA-Bindemotiven nach UV-Vernetzung)

    • Maßgeschneiderte molekularbiologische Lösungen auf Anfrage als Kooperationsprojekt

    Bioinformatik

    Die Core Unit bietet maßgeschneiderte Analyse-Lösungen für NGS-Projekte auf verschiedenen Ebenen:

    • Bioinformatische Beratung

    • Standardisierte Arbeitsabläufe für die Datenanalyse für diverse NGS-Anwendungen:
      • Genexpressionsanalyse
      • Funktionelle Anreicherungs- und Signalweg-Analyse
      • Identifizierung von Proteinbindestellen (Peak-Calling)
    • Entwicklung von Analysepipelines für neue Anwendungen auf Anfrage.

    • Unterstützung beim Transfer von NGS-Experimenten zur Veröffentlichung auf SRA (Sequence Read Archive) und GEO (Gene Expression Omnibus)