Leistungen

Die Core Unit ermöglicht den Zugang zu Next Generation Sequencing (NGS)-Technologien für molekulare Hochdurchsatz-Untersuchungen von RNA und DNA:

• RNA-Sequenzierungen (RNA-Seq für die Genexpressions- und Trankriptomanalyse)
  • mRNA-Sequenzierung mit Oligo-dT-Fängerkügelchen (Eukaryoten)
  • total RNA-Sequenzierung mit Random Primern
  • total RNA-Sequenzierung nach Depletion von Globin-mRNA oder rRNA (Prokaryoten und Eukaryoten)
  • small RNA-Sequenzierung, u.a. für bakterielle Transkriptome
  • Dual-RNA-Sequenzierung von Prokaryoten- mit Eukaryoten-RNA (human, Maus)
• Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-Seq)
  • 10x Genomics Tröpfchen-Mikrofluidik (bis zu 10.000 Zellen)
  • FACS-sortierte Einzelzell-Analyse mit dem SMART-Seq v4 Ultra Low Input Protokoll (1-300 Zellen)

• Gesamt-Genom-Sequenzierung (WGS), v.a. bakterielle und virale Genome

• Exom-Sequenzierung (WES)

• Amplicon-Seq (gezielte Sequenzierung von PCR-Amplicons, z.B. mit Phase-Shift-Primern)
  • PCR Amplifikation & metagenomische DNA-Sequenzierung des 16S rRNA-Gens für die Klassifizierung des Mikrobioms
  • PCR Amplifikation & mRNA-Sequenzierung für die Analyse des Immunrepertoires:  IgG / IgM, sowie B-Zell und T-Zell-Rezeptoren (human/Maus)

• Sequenzierung von methylierter DNA (Methyl-Seq)

• ATAC-Seq (Chromatinzugänglichkeit) 

• ChIP-Sequenzierung (ChIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit DNA)

• RIP-Sequenzierung (RIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit RNA)

• CLIP-Sequenzierung (CLIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit RNA-Bindemotiven nach UV-Vernetzung)

• Maßgeschneiderte molekularbiologische Lösungen auf Anfrage als Kooperationsprojekt