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    Core Unit Systemmedizin

    Hilfe & FAQ

    Wie sollen die Proben verschickt werden?

    • Immer auf Trockeneis!

    Wieviel RNA wird benötigt?

    • Total RNA mit rRNA-Depletion: ~ 1 µg
    • Total RNA für die mRNA Anreicherung mit Oligo-dT-Fängerkügelchen: ~ 100 ng (ggf. auch nur 10 ng bei hoher Qualität)
    • Total RNA von ultra low input Proben: ~ 10 pg - 10 ng (siehe auch SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing)

    Für welche Organismen gibt es Lösungen für die rRNA Depletion:

    • Illumina TruSeq Stranded Total RNA Gold:  human, Maus, Ratte
    • Illumina TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin (Globin mRNA inkl. rRNA Depletion): human, Maus, Ratte
    • siTOOLs Biotech Pan-Prokaryote riboPOOL: Bakterien / Archaea

    Tipps zum Arbeiten mit RNA:

    • Tragen von „frischen“ Einmalhandschuhen
    • Säuberung des Arbeitsplatzes und der Arbeitsgeräte (Pipetten, …) mit Reinigungslösungen wie z.B. RNaseZAP, RNase Away, …
    • Räumliche Trennung des Arbeitsplatzes für RNA-Arbeiten von Arbeitsplätzen an denen mit RNase gearbeitet wird
    • Verwendung von sterilen Filter-Pipettenspitzen
    • Verwendung von sterilen Einwegkunststoffen sowie von DEPC-behandelten Reagenzien und Glaswaren
    • Protokolle zügig durchführen mit kurzen Inkubationszeiten auf Eis und die Reaktionsgefäße so oft als möglich geschlossen halten
    • wenn möglich Verwendung von Nuklease-freiem Wasser (DEPC-behandelt oder DNase/RNase-frei)
    • Lagerung von RNA bei -80°C in Nuklease-freiem Wasser (bis zu 1 Jahr)
    • Link:  “The Do's and Don'ts of Working with RNA

    Wieviel DNA wird benötigt?

    • ca. 50 ng eukaryotische genomische DNA in 2 µl für WES
    • ca. 1 ng genomische DNA (z.B. Bakterien-DNA) in 1 µl für Tagmentation (Transposase-basierte enzymatische DNA-Fragmentierung (ca. alle 300 bp) mit Adaptor-Ligation zur PCR-Amplifikation)

    Tipps für die Stabilisierung von RNA:

    • für Zellen: resuspendiere pelletierte Zellen (ca. 0.5-1x10^6) in 0.3 mL RNAprotect Cell Reagent (z.B. QIAGEN Cat No. 76526) und lagere die Suspension für 1 Tag bei 4°C und danach bei -80°C bis zur RNA-Isolation
    • für Gewebe: stelle Gewebestückchen her von ca. 0.5 cm x 0.5 cm x 0.5 cm. Überführe das Gewebestückchen in ein 2 ml Mikrozentrifugationsgefäß gefüllt mit 2 ml RNAlater (z.B. ThermoFisher QIAGEN Cat No. AM7020). Lagere die Flüssigkeit für 1 Tag bei 4°C und dann bei -80°C bis zur RNA-Isolation

    Tipps für die Stabilisierung von DNA:

    • für isolierte DNA:  gib 25 μl DNAstable Plus (z.B. Biomatrica Cat No. 53091-016) zu 100 μl DNA (0.001 bis zu 250 µg) und lagere die Flüssigkeit bis zu 12 Monate bei Raumtemperatur oder 4°C
    • für Blut-Proben:  mische 200 µL Blut mit der DNAstable Blood matrix (z.B. Biomatrica Cat No. 93027-027) in einem Mikrozentrifugationsgefäß, trockne die Matrix und lagere die getrocknete Matrix bis zu 12 Monate bei Raumtemperatur oder -20°C
    • Für Zellen und Gewebe:  überführe ca. 10 mg Gewebe in 100 µL DNAgard Tissue oder resuspendiere pelletierte Zellen (ca. 0.5-1x10^6) in 100 µL DNAgard Tissue (z.B. Biomatrica Cat No. 62001-046). Lagere Zellen oder Gewebe bis zu 6 Monate bei Raumtemperatur oder -20°C.