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    Core Unit Systemmedizin

    Hilfe & FAQ

    Wie sollen die Proben verschickt werden?

    • Immer auf Trockeneis!

    Wieviel RNA wird benötigt?

    • Total RNA mit rRNA-Depletion: ~ 1 µg
    • Total RNA für die mRNA Anreicherung mit Oligo-dT-Fängerkügelchen: ~ 100 ng (ggf. auch nur 10 ng bei hoher Qualität)
    • Total RNA von ultra low input Proben: ~ 10 pg - 10 ng (siehe auch SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing)

    Für welche Organismen gibt es Lösungen für die rRNA Depletion:

    • Illumina TruSeq Stranded Total RNA Gold:  human, Maus, Ratte
    • Illumina TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin (Globin mRNA inkl. rRNA Depletion): human, Maus, Ratte
    • siTOOLs Biotech Pan-Prokaryote riboPOOL: Bakterien / Archaea

    Tipps zum Arbeiten mit RNA:

    • Tragen von „frischen“ Einmalhandschuhen
    • Säuberung des Arbeitsplatzes und der Arbeitsgeräte (Pipetten, …) mit Reinigungslösungen wie z.B. RNaseZAP, RNase Away, …
    • Räumliche Trennung des Arbeitsplatzes für RNA-Arbeiten von Arbeitsplätzen an denen mit RNase gearbeitet wird
    • Verwendung von sterilen Filter-Pipettenspitzen
    • Verwendung von sterilen Einwegkunststoffen sowie von DEPC-behandelten Reagenzien und Glaswaren
    • Protokolle zügig durchführen mit kurzen Inkubationszeiten auf Eis und die Reaktionsgefäße so oft als möglich geschlossen halten
    • wenn möglich Verwendung von Nuklease-freiem Wasser (DEPC-behandelt oder DNase/RNase-frei)
    • Lagerung von RNA bei -80°C in Nuklease-freiem Wasser (bis zu 1 Jahr)
    • Link:  “The Do's and Don'ts of Working with RNA