Ausstattung
NGS-Systeme
- NextSeq 500 (Illumina)
- 130 bis 400 Millionen Reads / Sequenzierlauf
- Single-End- oder Paired-End-Sequenzierung
- Read-Länge bis zu 2x 150 bp
- Maximaler Output: 120 Gb
- NextSeq 2000 (Illumina)
- 400 bis 1200 Millionen Reads / Sequenzierlauf
- Single-End- oder Paired-End-Sequenzierung
- Read-Länge bis zu 2x 150 bp
- Maximaler Output: 360 Gb
- MiniSeq (Illumina)
- 8 bis 25 Millionen Reads / Sequenzierlauf
- Single-End- oder Paired-End-Sequenzierung
- Read-Länge bis zu 2x 150 bp
- Maximaler Output: 7,5 Gb
- MinION (Oxford Nanopore)
- 2.5 – 6 Millionen Reads / Sequenzierlauf
- Read-Länge: durchschnittlich 5 kb (max. 2 Mb gemäß Herstellerangaben)
- Maximaler Output: 10 – 30 Gb
Quantifizierung & Qualitätskontrolle von DNA/RNA
-
Nanodrop ND-2000 (ThermoFisher)
-
Nanodrop One (ThermoFisher)
-
Qubit 3.0 (ThermoFisher)
-
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
PCR-Amplifikation
-
Gene Amp PCR 9700 (ABI / ThermoFisher)
-
CFX96 Real-Time System (Biorad)
Einzelzell-Isolation
- Chromium Controller für die Einzelzell-Partitionierung mittels Tröpfchen-Mikrofluidik (10x Genomics)
- 500 – 80.000 Zellen < 9 min
- Einkapselungsrate für geladene Zellen: 65%
- Doublettenrate: 0,9% pro 1000 Zellen
- FACS Aria III (Becton Dickinson, BD)
- ca. 1 x 96 well plate / 1 min
- lasers: 405 nm, 488 nm, 561 nm, 633 nm
- nozzles: 70 nm, 85 nm, 100 nm
