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English Intern
    Core Unit Systemmedizin

    Ausstattung

    NGS-Systeme

    • NextSeq 500 (Illumina)
      • 130 bis 400 Millionen Reads / Sequenzierlauf
      • Single-End- oder Paired-End-Sequenzierung
      • Read-Länge bis zu 2x 150 bp
      • Maximaler Output: 100 – 120 Gb
    • MiniSeq (Illumina)
      • 8 bis 25 Millionen Reads / Sequenzierlauf
      • Single-End- oder Paired-End-Sequenzierung
      • Read-Länge bis zu 2x 150 bp
      • Maximaler Output: 7,5 Gb
    • MinION(Oxford Nanopore)
      • 2.5 – 6 Millionen Reads / Sequenzierlauf
      • Read-Länge: durchschnittlich 5 kb (max. 2 Mb gemäß Herstellerangaben)
      • Maximaler Output: 10 – 30 Gb

    Quantifizierung & Qualitätskontrolle von DNA/RNA

    • Nanodrop ND-2000 (ThermoFisher)

    • Nanodrop One (ThermoFisher)

    • Qubit 3.0 (ThermoFisher)

    • Bioanalyzer 2100 (Agilent)

    PCR-Amplifikation

    • Gene Amp PCR 9700 (ABI / ThermoFisher)

    • CFX96 Real-Time System (Biorad)

    Einzelzell-Isolation

    • Chromium Controller für die Einzelzell-Partitionierung mittels Tröpfchen-Mikrofluidik (10x Genomics)
      • 500 – 80.000 Zellen < 9 min
      • Einkapselungsrate für geladene Zellen: 65%
      • Doublettenrate: 0,9% pro 1000 Zellen
    • FACS Aria III (Becton Dickinson, BD)
      • ca. 1 x 96 well plate / 1 min
      • lasers: 405 nm, 488 nm, 561 nm, 633 nm
      • nozzles: 70 nm, 85 nm, 100 nm